Un CMS è tanto più efficiente quanto più è specializzato.
Molti piccoli portali fanno ricorso a CMS distribuiti (scritti da altri e messi a disposizione gratuitamente o a pagamento) di tipo generico; per quanto un CMS possa essere flessibile, un sito basato su questa struttura in genere presenta un aspetto poco personalizzato se non è possibile intervenire direttamente sul codice sorgente del prodotto per modificarlo. Analogamente i contenuti saranno sempre ancorati a quanto previsto da chi ha progettato il CMS e non alle esigenze di chi pubblica il sito.
Problemi di gestione possono derivare dal fatto che chi pubblica o gestisce il sito può usare il CMS per intervenire sui contenuti e sull'aspetto, ma generalmente (caso del software proprietario) non è in grado di intervenire direttamente (o far intervenire) sulla struttura del CMS stesso; questo è un limite strettamente connesso al vantaggio primario dei CMS: pubblicare un portale senza doverne progettare la struttura o senza possedere le conoscenze tecniche (o le risorse finanziarie) per uno sviluppo personalizzato. Tuttavia esistono anche CMS particolarmente evoluti che permettono di scirvere direttamente sul database. E' il caso per esempio di alcuni CMS proprietari.
Questi problemi sono risolvibili utilizzando software open source: la possibilità di accedere al codice sorgente del prodotto permette di personalizzare il software sulla base delle proprie esigenze a patto di non avere necessità di apportare modifiche al prodotto adottato. Anche in questo caso, vanno messi in conto i costi per lo sviluppo di moduli personalizzati o funzioni particolari a meno di non possedere in proprio o nella propria struttura aziendale le conoscenze tecniche per intervenire nel codice sorgente.
I portali di una certa importanza non fanno mai ricorso a CMS distribuiti bensì usano programmi e database progettati su misura, ovvero CMS personalizzati e dunque necessariamente specializzati; in questo modo la struttura e la presentazione vengono realizzate tenendo presenti i contenuti che il sito dovrà ospitare e potranno essere modificati in seguito a nuove esigenze.